Ésta es una pregunta que inquietaba mucho a Darwin, quién contestaba diciendo que se debe a que el registro fósil es sumamente incompleto.

Sólo una pequeñísima fracción de las especies que han vivido se conservan como fósiles. Además, muchos estratos con fósiles han sido destruidos por el movimiento de las placas tectónicas. Otros han sido doblados, torcidos, hundidos, metamorfoseados, borrando toda huella de sus fósiles. Hay que agregar que de todos los fósiles que deben existir, el ser humano encuentra muy pocos de ellos.

La mayoría de los animales al morir son comidos por carroñeros o se descomponen a la intemperie.

Para que un organismo fosilice, es indispensable que inmediatamente después de morir, sus restos queden enterrados bajo sedimentos o ceniza volcánica. Como bien sabemos por nuestra experiencia de vida, esto no sucede a menudo.

Aun así, existen linajes de fósiles muy bien documentados, como es el caso de la evolución de las ballenas y los caballos.