Fue un biólogo, filósofo y artista alemán, defensor de las ideas de Darwin.

Es famoso por los dibujos detallados que hacía de infinidad de especies y por haber acuñado términos como células madre, antropogenia, ecología.

También por haber sido de los primeros en intentar clasificar las especies en árboles de la vida.

Pero lo que lo hizo más famoso es su teoría de la Recapitulación: Ontogenia recapitula Filogenia. Con esto él aseguraba que el desarrollo biológico de un organismo, o sea el embrión (ontogenia) resumía el desarrollo evolutivo de la especie (filogenia).

Actualmente esta teoría es considerada caduca.

Haeckel era un excelente dibujante. Produjo un libro de litografías a color y en blanco y negro, titulado Obras de Arte en la Naturaleza, que consiste de 100 hermosas impresiones de muy diversos organismos, muchos de ellos descubiertos por él mismo.

Entre las más notables sobresalen las de anémonas y otras medusas, murciélagos, pulpos, arañas, plancton, trilobites, y gran cantidad de criaturas marinas microscópicas.