Los archipiélagos son laboratorios perfectos donde sucede la especiación. Lo que ahí pasa es que inicialmente el archipiélago es colonizado por una especie de planta o animal que posteriormente se ubica en las distintas islas donde establece poblaciones separadas.

Si las islas están muy cerca una de otra, los individuos van y vienen y no hay divergencia genética. Pero si las islas están lejos una de la otra tal que los individuos no se vuelven a mezclar, con el tiempo sucede la especiación.

El ejemplo perfecto es la iguana marina de las Galápagos. Esta especie se encuentra en un estado incipiente de especiación. Consta de 7 poblaciones distintas en 7 islas distintas, genéticamente distintas pero que todavía pueden reproducirse entre ellas.

Otro ejemplo de especiación es el de los pinzones de las Galápagos.